Destiné à une aide urgente à toute action visant la sauvegarde de végétaux menacés menée par le Conservatoire, le fonds de sauvegarde est alimenté par l'Arche aux plantes lors des deux fêtes des plantes ainsi que par 20 % de la cotisation des adhérents.
Depuis sa création, le fonds est intervenu pour de nombreuses actions comme le recensement de la flore menacée sur les îles Juan Fernandez, le sauvetage d’une Erica en Ecosse, le sauvetage du Cylindrocline lorencei à l’île Maurice, le sauvetage du Panicaut vivipare dans le Morbihan, le sauvetage du Rafflesia en Indonésie...