Les activités du Conservatoire sont structurées en quatre grandes actions :
- les ressources communes,
- les actions scientifiques et techniques dans l'Ouest de la France grâce aux antennes Bretagne, Normandie - Caen et Pays de la Loire,
- les actions scientifiques et techniques à l'international,
- le Jardin du Conservatoire botanique.
L'équipe du Conservatoire botanique bénéficie de l'accompagnement et des orientations du Conseil scientifique et suivent les décisions du Comité syndical.
Deux entités participent aussi étroitement aux activités du Conservatoire :
- le réseau des correspondant.e.s bénévoles contribue à l'inventaire des plantes sauvages et des milieux naturels. En moyenne, 400 personnes transmettent chaque année près de 60 % des observations intégrées dans les bases de données du Conservatoire.
- la Direction des espaces verts de Brest métropole assure la gestion et l'entretien du Jardin du Conservatoire botanique et des 2800 espèces qui y sont cultivées. 11 jardiniers travaillent dans le jardin conservatoire, les serres et la pépinière.
Il provient de 80 partenariats financiers différents.